HMBA Consensus Basal Ganglia Atlas

Summary

HMBA Cross-species Consensus Basal Ganglia Atlas

Metadata

Dataset Type

Single. The file includes a single dataset whereby “dataset” means a single library or a set of technical replicates that can be combined without having to worry about the associated batch effect.

Total Cells

1,896,133

organism

Homo sapiens (1,034,819 cells)Macaca Mulatta (548,281 cells)Callithrix jacchus (313,033 cells)

tissue

brain

assay

10x multiome

disease

normal

Cell Labels

Neighborhood (4)

1,896,133 cells

Subpallium GABA

1,045,252

Nonneuron

815,521

Glut Sero Dopa

34,315

Subpallium GABA-Glut

1,045

Class (12)

1,896,133 cells

CN LGE GABA

854,597

OPC-Oligo

420,685

Astro-Epen

224,824

Immune

141,006

CN MGE GABA

103,385

F M GABA

56,595

Vascular

29,006

CN CGE GABA

28,688

F M Glut

25,540

M Dopa

8,775

Cx GABA

1,987

CN GABA-Glut

1,045

Subclass (36)

1,896,133 cells

STR D2 MSN

386,255

Oligodendrocyte

368,985

STR D1 MSN

368,299

Astrocyte

210,642

Microglia

132,762

STR Hybrid MSN

86,451

CN ST18 GABA

64,046

OPC

50,383

F GABA

22,660

CN VIP GABA

18,572

CN LHX8 GABA

17,041

STR RSPO2 GABA

16,928

Ependymal

14,182

F Glut

13,025

F M Glut

12,515

Endo

11,150

STR SST-CHODL GABA

10,375

F M GATA3 GABA

10,372

CN LAMP5-CXCL14 GABA

10,116

VLMC

10,011

M Dopa

8,775

OT Granular GABA

7,196

Pericyte

6,795

CN MEIS2 GABA

6,396

CN LAMP5-LHX6 GABA

6,285

CN Cholinergic GABA

4,966

CN ONECUT1 GABA

4,869

Macrophage

4,505

Lymphocyte

3,126

ACx MEIS2 GABA

1,987

SN PAX7 GABA

1,653

COP

1,317

SMC

1,050

CN GABA-Glut

1,045

STR SST GABA

785

Monocyte

613

Group (61)

1,896,133 cells

Oligo OPALIN

254,120

STRd D2 Matrix MSN

244,997

STRd D1 Matrix MSN

221,515

Astrocyte

202,762

Microglia

132,762

Oligo PLEKHG1

102,319

STRv D1 MSN

81,756

STRv D2 MSN

71,128

STRd D1 Striosome MSN

65,028

STRd D2 Striosome MSN

56,647

STR D1D2 Hybrid MSN

51,501

OPC

50,383

STRv D1 NUDAP MSN

34,950

STR FS PTHLH-PVALB GABA

31,963

STR TAC3-PLPP4 GABA

27,484

VIP GABA

18,572

ZI-HTH GABA

14,316

Ependymal

14,182

STRd D2 StrioMat Hybrid MSN

13,483

ImOligo

12,546

VTR-HTH Glut

12,515

Endo

11,150

STR SST-CHODL GABA

10,375

LAMP5-CXCL14 GABA

10,116

GPe-NDB-SI LHX6-LHX8-GBX1 GABA

10,096

VLMC

10,011

STR SST-RSPO2 GABA

9,846

STH PVALB-PITX2 Glut

8,054

ImAstro

7,880

AMY-SLEA-BNST GABA

7,677

OT D1 ICj

7,196

STR LYPD6-RSPO2 GABA

7,082

GPe SOX6-CTXND1 GABA

6,945

SN-VTR-HTH GATA3-TCF7L2 GABA

6,900

Pericyte

6,795

SN SOX6 Dopa

6,793

GPe MEIS2-SOX6 GABA

6,396

LAMP5-LHX6 GABA

6,285

BF SKOR1 Glut

4,971

GPi Core

4,869

STR-BF TAC3-PLPP4-LHX8 GABA

4,599

BAM

4,505

T cells

3,032

GPin-BF Cholinergic GABA

2,381

SN GATA3-PAX8 GABA

2,335

STRd Cholinergic GABA

1,765

OB FRMD7 GABA

1,584

COP

1,317

SN-VTR CALB1 Dopa

1,158

SN GATA3-PVALB GABA

1,137

SMC

1,050

GPi Shell

1,045

SN EBF2 GABA

1,016

SN-VTR GAD2 Dopa

824

STR Cholinergic GABA

820

STR SST-ADARB2 GABA

785

AMY-SLEA-BNST D1 GABA

667

SN SEMA5A GABA

637

Monocyte

613

OB Dopa-GABA

403

B cells

94

cluster_id (1435)

1,896,133 cells

Human-1

141,852

Human-14

58,596

Human-153

50,397

Macaque-213

47,923

Human-563

46,473

Macaque-258

42,915

Human-15

38,286

Macaque-280

38,194

Human-384

37,354

Macaque-378

35,056

Marmoset-7

34,662

Macaque-196

28,394

Human-35

27,438

Human-512

21,789

Human-26

21,171

Human-30

20,387

Macaque-257

18,794

Macaque-259

18,763

Human-11

18,129

Human-12

18,085

Human-160

17,037

Marmoset-2

16,305

Macaque-399

15,504

Human-84

15,463

Human-29

14,956

Human-88

14,860

Macaque-261

14,476

Marmoset-669

14,375

Human-21

13,930

Human-561

13,127

Marmoset-86

13,020

Human-485

12,908

Human-472

12,864

Human-560

12,796

Macaque-231

12,697

Human-24

12,571

Macaque-424

12,329

Human-159

12,053

Macaque-445

11,728

Human-34

11,716

Human-191

10,362

Human-5

10,343

Human-189

9,963

Marmoset-82

9,940

Marmoset-72

9,905

Macaque-410

9,690

Macaque-251

9,358

Macaque-373

8,956

Human-125

8,901

Human-541

8,522

Marmoset-18

8,513

Human-25

8,397

Human-481

7,924

Macaque-108

7,722

Macaque-444

7,540

Macaque-391

7,272

Marmoset-12

6,892

Human-339

6,624

Human-42

5,439

Human-451

5,415

Macaque-5

5,398

Macaque-232

5,371

Human-234

5,357

Macaque-408

5,238

Human-196

4,945

Human-6

4,933

Marmoset-60

4,923

Human-497

4,847

Marmoset-199

4,823

Macaque-446

4,780

Human-562

4,734

Marmoset-712

4,701

Human-20

4,375

Macaque-466

4,344

Macaque-414

4,338

Macaque-427

4,326

Human-564

4,310

Marmoset-627

4,257

Macaque-125

4,248

Human-22

4,144

Human-543

3,893

Human-278

3,886

Human-90

3,859

Marmoset-90

3,708

Human-86

3,698

Human-40

3,695

Human-23

3,666

Human-476

3,637

Macaque-368

3,637

Human-13

3,539

Marmoset-511

3,478

Macaque-34

3,361

Human-31

3,350

Human-245

3,348

Marmoset-202

3,295

Human-515

3,257

Macaque-334

3,210

Macaque-381

3,086

Macaque-126

3,060

Marmoset-625

3,048

Marmoset-626

3,041

Human-2

2,983

Macaque-195

2,945

Marmoset-628

2,891

Human-337

2,868

Human-53

2,846

Human-553

2,845

Human-531

2,823

Marmoset-122

2,817

Marmoset-16

2,788

Macaque-200

2,724

Human-149

2,649

Marmoset-709

2,624

Macaque-384

2,615

Marmoset-88

2,608

Human-83

2,578

Human-381

2,552

Human-452

2,522

Marmoset-715

2,507

Human-65

2,500

Human-486

2,492

Human-355

2,471

Human-232

2,469

Human-44

2,467

Macaque-400

2,447

Marmoset-155

2,421

Human-81

2,388

Human-536

2,271

Marmoset-996

2,241

Human-78

2,229

Macaque-2

2,204

Human-490

2,197

Marmoset-1222

2,193

Human-77

2,172

Marmoset-278

2,145

Human-199

2,138

Human-340

2,119

Marmoset-140

2,108

Human-229

2,104

Human-74

2,091

Marmoset-515

2,073

Human-157

2,072

Human-33

2,062

Human-154

2,052

Human-228

2,038

Human-87

2,034

Marmoset-230

2,026

Human-231

1,998

Human-521_1

1,966

Marmoset-91

1,959

Human-122

1,950

Marmoset-206

1,904

Human-7

1,893

Macaque-279

1,891

Human-483

1,872

Human-219

1,869

Marmoset-215

1,869

Human-62

1,834

Human-548

1,828

Macaque-237

1,821

Human-9

1,803

Macaque-201

1,786

Human-114

1,785

Human-145

1,783

Marmoset-103

1,772

Macaque-471

1,761

Human-519

1,712

Human-27

1,700

Human-528

1,664

Human-266

1,649

Human-450

1,643

Human-225

1,633

Marmoset-131

1,619

Macaque-465

1,608

Human-218

1,606

Human-350

1,600

Macaque-39

1,564

Human-343

1,559

Macaque-14

1,553

Macaque-285

1,532

Macaque-457

1,526

Human-342

1,510

Human-28

1,492

Human-217

1,490

Human-336

1,485

Marmoset-85

1,483

Human-233

1,473

Macaque-375

1,468

Human-404

1,435

Human-449

1,431

Macaque-403

1,427

Macaque-369

1,426

Macaque-425

1,417

Macaque-459

1,416

Macaque-16

1,397

Marmoset-431

1,395

Human-475

1,387

Human-503

1,372

Marmoset-997

1,363

Human-150

1,359

Macaque-467

1,359

Macaque-341

1,343

Macaque-472

1,334

Human-525

1,334

Macaque-198

1,328

Human-484

1,325

Human-152

1,322

Macaque-33

1,318

Macaque-36

1,307

Macaque-123

1,281

Macaque-458

1,276

Marmoset-66

1,276

Macaque-256

1,259

Macaque-124

1,257

Macaque-166

1,237

Macaque-252

1,234

Marmoset-75

1,233

Macaque-153

1,216

Human-107

1,204

Macaque-38

1,184

Marmoset-133

1,171

Marmoset-69

1,166

Human-280

1,163

Human-323

1,159

Macaque-426

1,156

Marmoset-195

1,153

Human-248

1,149

Human-456

1,147

Human-239

1,135

Human-187

1,123

Human-521_2

1,102

Macaque-495

1,093

Macaque-182

1,087

Macaque-235

1,085

Marmoset-718

1,077

Macaque-189

1,072

Macaque-52

1,060

Human-8

1,054

Macaque-402

1,048

Macaque-398

1,013

Human-208

1,011

Macaque-383

1,006

Macaque-197

1,006

Human-311

997

Macaque-35

983

Macaque-470

976

Marmoset-1349

967

Macaque-435

963

Macaque-202

962

Marmoset-19

957

Human-471

941

Human-32

940

Macaque-266

923

Human-365

905

Marmoset-512

903

Macaque-254

887

Macaque-21

879

Macaque-143

878

Human-85

874

Macaque-82

874

Human-446

873

Marmoset-209

869

Human-56

863

Marmoset-240

863

Macaque-216

857

Marmoset-664

854

Marmoset-118

853

Macaque-476

850

Macaque-484

849

Macaque-348

849

Human-361

848

Human-516

847

Marmoset-1403

846

Marmoset-208

844

Macaque-152

837

Marmoset-128

836

Macaque-494

835

Marmoset-911

832

Marmoset-93

832

Macaque-262

830

Human-345

827

Marmoset-152

825

Macaque-233

823

Macaque-241

821

Macaque-217

807

Human-221

804

Macaque-54

803

Human-448

798

Marmoset-1502

796

Macaque-180

791

Marmoset-1506

791

Human-43

787

Human-433

783

Marmoset-130

777

Human-18

751

Human-186

749

Human-75

746

Marmoset-931

746

Macaque-397

745

Human-223

740

Marmoset-74

740

Marmoset-1234

735

Marmoset-68

725

Marmoset-216

724

Marmoset-4

720

Macaque-300

718

Human-542

711

Human-400

711

Human-305

707

Marmoset-226

707

Human-496

706

Marmoset-9

703

Marmoset-94

702

Marmoset-17

700

Marmoset-672

700

Human-463

698

Macaque-268

693

Human-275

690

Human-109

683

Macaque-498

682

Human-128

679

Human-559

678

Human-155

677

Marmoset-728

671

Macaque-332

669

Human-506

666

Human-508

666

Marmoset-151

652

Marmoset-80

649

Human-236

644

Macaque-81

642

Macaque-310

638

Macaque-127

635

Macaque-500

633

Human-333

633

Marmoset-65

631

Human-249

627

Marmoset-916

627

Human-487

612

Macaque-6

612

Human-492

608

Marmoset-221

608

Marmoset-212

604

Macaque-273

598

Marmoset-353

598

Macaque-406

596

Marmoset-83

590

Macaque-284

590

Macaque-305

590

Marmoset-315

588

Macaque-246

584

Human-201

583

Human-302

582

Macaque-453

579

Human-453

578

Human-244

576

Macaque-379

576

Marmoset-154

574

Marmoset-1008

573

Human-93

569

Macaque-412

569

Macaque-12

567

Macaque-263

567

Macaque-455

567

Marmoset-79

562

Macaque-236

560

Macaque-234

556

Marmoset-120

554

Macaque-322

550

Human-306

540

Macaque-253

539

Human-241

535

Human-335

535

Human-538

533

Human-368

532

Macaque-287

528

Macaque-88

527

Marmoset-87

526

Macaque-111

525

Marmoset-20

525

Human-523_1

524

Marmoset-949

524

Marmoset-507

523

Marmoset-998

521

Human-220

519

Marmoset-62

518

Marmoset-775

515

Marmoset-520

515

Human-170

514

Human-167

514

Marmoset-304

510

Marmoset-428

510

Macaque-142

509

Macaque-440

508

Human-39

503

Marmoset-720

503

Human-70

498

Macaque-194

498

Marmoset-198

496

Human-129

496

Human-334

495

Human-379

494

Macaque-288

492

Marmoset-225

491

Marmoset-366

488

Human-478

487

Marmoset-217

487

Human-555

484

Macaque-30

483

Macaque-336

483

Macaque-66

482

Macaque-502

481

Human-549

479

Marmoset-1379

479

Marmoset-1220

478

Macaque-297

478

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115

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114

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107

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94

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94

Macaque-177

94

Marmoset-1442

94

Marmoset-1452

94

Marmoset-1501

94

Marmoset-689

93

Marmoset-327

93

Marmoset-111

93

Marmoset-214

93

Marmoset-1541

93

Marmoset-1545

93

Marmoset-1554

93

Marmoset-1444

93

Marmoset-1514

93

Macaque-326

92

Macaque-7

92

Marmoset-1531

92

Marmoset-1549

92

Human-441

91

Human-143

91

Macaque-115

91

Marmoset-716

91

Marmoset-71

91

Marmoset-1503

91

Marmoset-210

91

Macaque-63

90

Marmoset-861

90

Marmoset-1520

90

Human-286

89

Marmoset-780

89

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89

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89

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88

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87

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87

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87

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87

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87

Macaque-321

86

Human-283

86

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86

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86

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86

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86

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86

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85

Marmoset-827

85

Marmoset-368

85

Marmoset-930

85

Marmoset-1423

85

Marmoset-1518

85

Marmoset-1559

85

Human-544

84

Marmoset-1242

84

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83

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83

Marmoset-663

83

Marmoset-1468

83

Macaque-156

82

Marmoset-831

82

Marmoset-1558

82

Human-359

81

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81

Macaque-389

81

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81

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81

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80

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80

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80

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80

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79

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79

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79

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78

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78

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78

Human-352

78

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78

Marmoset-1383

78

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78

Human-430

77

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77

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76

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76

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76

Marmoset-339

76

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76

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76

Human-130

75

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75

Human-474

75

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75

Marmoset-101

75

Marmoset-319

75

Marmoset-233

75

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75

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75

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74

Macaque-145

74

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74

Human-358

74

Human-301

74

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74

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74

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74

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73

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72

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72

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71

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71

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71

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71

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70

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70

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70

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70

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70

Marmoset-790

70

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70

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69

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69

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69

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69

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69

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68

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68

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68

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68

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68

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68

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67

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67

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67

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67

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66

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66

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66

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66

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66

Marmoset-1367

66

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65

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65

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65

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65

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65

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64

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60

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59

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58

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58

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58

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58

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57

Macaque-311

57

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57

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57

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56

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56

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55

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54

Human-363

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Human-386

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52

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52

Marmoset-739

52

Marmoset-70

52

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52

Marmoset-1542

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52

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50

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50

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50

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49

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49

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49

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48

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48

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48

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48

Marmoset-1557

48

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46

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46

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Human-362

44

Human-250

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Human-269

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12

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12